Šarinića se, naime tereti da je kao stalni pregovarač i posrednik Franje Tuđmana s predsjednikom Republike Srbije i tzv. Savezne Republike Jugoslavije Slobodanom Miloševićem uništavao nacionalnu skupinu bosansko-hercegovačkih Muslimana te zapovijedio da se tu skupinu današnjih Bošnjaka prislino raseli. U drugoj točci kaznene prijave navodi se kako postoji osnovana sumnja da je kršio pravila međunarodnog prava za vrijeme rata naređujući preseljenje dijelova svojeg civilnog pučanstva na okupirano područje. Posljednja točka kaznene prijave odnosi se na rasnu diskriminaciju muslimanskog pučanstva u BiH.