Nakon toga 'Tuta' je od oslobođenih zatvorenika sastavio dragovoljačke brigade i krenuo s njima na jug Bosne. U okolici Mostara vodio je krvavi istrebljivački rat protiv muslimanskog civilnog stanovništva. Zbog tih zločina haaški sud podigao je protiv njega optužnicu. Nakon završetka 'rata u ratu' - bosanski Hrvati ratovali su u srednjoj Bosni i u Hercegovini protiv bosanskih Muslimana dok je u ostatku zemlje bjesnio rat Srba protiv Muslimana - 'Tuta' je ostao u zemlji: organizirao je mostarsku mafiju, uspostavio nadzor nad trgovinom drogom, riješio se protivnika; zbog tih su kaznenih djela on i Martinović izvedeni pred hrvatske sudove. Doduše. 'Tutu' nije bilo moguće uhititi: liječnici potvrđuju da su njegova pluća slaba te da ima srčanu manu, te je Hrvatska zato i odbila haaški zahtjev za njegovim izručenjem. Promatrači, koji su nedavno vidjeli 53-godišnjeg strastvenog pušača nisu otkrili nikakve tragove bolesti. Naprotiv, uporno kruže glasine da hrvatsko vodstvo možda strahuje od 'Tutina' razvezanog jezika.

U haaškoj optužnici stoji da je Naletilić provodio politiku protiv bosanskih Muslimana, oblikovanu u Zagrebu. Njegovo priznanje te postavke predstavljao bi argument u prilog podizanju optužnice protiv predsjednika Franje Tuđmana. (...)

Den Haag je od Vijeća sigurnosti zatražio da Zagreb potakne na suradnju prijetnjom sankcijama. (...) Den Haag ne traži samo 'Tutu' već i dokumente o hrvatskim vojnim operacijama, usmjerenim na ponovno zauzimanje područja koja su Srbi zaposjeli još 1991., protjeravši hrvatsko stanovništvo: riječ je o zapadnoj Slavoniji i o krajini. Prilikom ponovnog zauzimanja krajine 1995. navodno je došlo do teških hrvatskih zločina nad srpskim civilima. I ti bi dokumenti mogli sadržavati naznake o upletenosti hrvatskog vodstva", napominje na kraju izvješća Irene Miller.