Uhićenje visokih časnika Armije Republike BiH i njihov dragovoljni odlazak u Haag, čin je koji će u idućemu razdoblju umnogome promijeniti odnos prema djelovanju Tribunala. Istina, sama akcija je obavljena dosta nespretno, na dan presude srpskom generalu Radislavu Krstiću, pa je potpuno zasjenila vijest o kazni srebreničkom krvniku. Ipak, treba napomenuti da su se generali Mehmed Alagić i Enver Hadžihasanović, te pukovnik Amir Kubura dragovoljno predali, što je najviše olakšalo posao Ministarskom vijeću BiH, da može, s razlogom, inzistirati da i drugi, u prvom redu Vlada RS, ispuni svoje obveze prema Tribunalu.

Sam sudski proces, sada je već izvjesno, kao i druge analize dat će odgovor tko je i zašto izdao Platformu Predsjedništva RBiH iz svibnja 1992. godine. Taj dokument je jasno označio ciljeve obrane od agresije, naglašavajući multinacionalnost i sekularnost države BiH, kao temeljne odrednice borbe protiv agresora. Platformu su potpisali Fikret Abdić, Ejup Ganić, Alija Izetbegović, Stjepan Kljuić, Nenad Kecmanović i Mirko Pejanović. Treba podsjetiti da je 1992. godine u Teritorijalnoj obrani, poslije Armiji BiH, koja je djelovala zajedno s HOS-om i HVO-om u okviru Oružanih snaga Republike BiH, bilo više od 40 posto Hrvata i Srba. Još je veća zastupljenost Hrvata bila u Glavnom štabu. Međutim, umjesto da se istraje na realiziranju Platforme Predsjedništva, da se naspram agresora nađu zajedničke postrojbe građana BiH, ubrzo je došlo do niza promjena koje su, prije svega, išle na reduciranje multinacionalnosti.

Slično je bilo i s komisijom za prikupljanje dokumenata o ratnim zločinima koje je Predsjedništvo BiH osnovalo još 24. travnja 1992. godine i čiji sam bio predsjednik. Komisija je kopirala strukturu rada čuvenog Wiesenthalova instituta i vrlo brzo su prikupljeni brojni dokumenti o zločinima, sistematizirani vrlo precizno. Međutim, kada sam jednog dana na radiju čuo da sam smijenjen (bilo je to 1993. godine, kada sam već bio isključen iz Predsjedništva) Komisiju su napustili mnogi istaknuti odvjetnici i profesori (Mladen Šutej, Ekrem Galijatović, Zijo Hadžimuratović, prof. Zvonimir Tomić...) Vrlo brzo je ta komisija pretvorena u stranačku i jednonacionalnu.

U tom razdoblju dolazi i do nepoštovanja Ustava Republike BiH, pa se to sve odrazilo i na strukturu Armije BiH.

Erozija multinacionalnosti Armije BiH došla je nakon instrumentalizacije vjerskog života u vojsci, što će poslije imati katastrofalne posljedice. U takvoj situaciji vrijedno je spomenuti poznatu peticiju pet članova Predsjedništva BiH (Nijaz Duraković, Stjepan Kljuić, Ivo Komšić, Tanaj Ljuić-Mijatović i Mirko Pejanović), koja je izišla u javnost nakon bezuspješnih pokušaja da se u samom Predsjedništvu spriječi daljnja instrumentalizacija vjere u vojničkom životu. Preostala dva člana Predsjedništva (Izetbegović i Ganić) oštro su napala peticiju, međutim, još prije kršenja Ustava BiH vlast u Predsjedništvu i Armiji čvrsto je bila u rukama pojedinaca.

U ovom trenutku bilo bi zaista pogrešno izjednačavati sve tri strane u BiH, kako to pokušavaju činiti mnogi domaći i inozemni čimbenici. U cijelini, poput Domovinskog rata u Hrvatskoj, i obrana od agresije u BiH bila je pravična stvar. To što je netko počinio određene zločine, morat će za to snositi i odgovornost.

Osim toga očekuje se podizanje i još nekih drugih optužnica, pa je posve izvjesno da će se pred Tribunalom naći i oni koji su počinili zločine u Križančevu Selu, Grabovici, Dusini i drugim mjestima u kojima su žrtve bili Hrvati.