Haaški tribunal je danas moćna institucija koja drma državama nastlaim raspadom SFR Jugoslavije. Svojim djelovanjem i potezima Haaški sud u tim zemljama potakne žestoke političke strasti i prijeti političkim lomovima. Protiv ICTY-ja svi galame, prijete prekidom suradnje, traže nemoguće, a na kraju se sve stiša i optuženici, stari i novi, postupno putuju za Haag. Čak je i najmoćniji čovjek nekadašnje Jugoslavije dospio u haašku tamnicu.

Uhićenje Slobodana Miloševića podiglo je val novih optužnica i prijeti novim. Sve češće se postavlja pitanje u javnosti hoće li i kada se može očekivati haaška optužnica protiv Alije Izetbegovića. On je do optužnica protiv svojih generala Mehmeda Alijagića i Envera Hadžihasanovića bio nedodirljiv, iako su se protiv njega podizale krivične prijave, provodile istrage, slane optužnice u Den Haag i čak je u Banjoj Luci organiziran sudski proces protiv njega s optužbom da je odgovoran za ratne zločine protiv Srba u BiH.

Zapisnici su unijeli nemir među članove ratnog Predsjedništva RBiH. Zna se da ti zapisnici mogu teretiti najviše Aliju Izetbegovića i dr. Ejuba Ganića, ali Srpska Republika optužuje za ratne zločine po kriteriju zapovjedne odgovornosti i dr. Nijaza Durakovića, dr. Ivu Komšića, Stjepana Kljuića, Tatjanu Ljuić-Mijatović i dr. Mirka Pejanovića. Kljuić i Duraković su javno raegirali na sve te optužbe. Oni su izjavili da je sva vlast bila u rukama jednog čovjeka, da nisu ni donosili vojne odluke, da nisu ni o čemu odlučivali i da nisu znali za ratne zločine. Istina oni su prosvjedovali protiv islamizacije Armije BiH, ali sve je ostalo na priopćenju.

Po slovu Ustava RBiH oni su bili članovi kolektivnog šefa države, a među njima je Alija Izetbegović bio samo primus inter pares. Ako se nisu pitali u vojnim stvarima zašto nisu prosvjedovali i čak ostavke podnosili. Zato Rasim Kadić, predsjednik Liberalno-demokratske stranke BiH preporučuje da je sve to što govore bivši članovi Predsjedništva BiH licemjerje, koje ih ne oslobađa zapovjedne odgovornosti.

A protiv Ilije Izetbegovića davno su pisane kaznene prijave, provođena istraga, slane optužnice u Haag i proveden sudski postupak u odsutnosti pod optužbom da je počinio ratne zločine. Bilo je to 1996. godine u Banjoj Luci. Neki dan je Siniša Đorđević, časnik za vezu Republike Srpske s Haaškim tribunalom izjavio da će do polovine rujna 2001. godine biti kompletirana optužnica protiv Alije Izetbegovića za zločine nad Srbima, a na temelju zapovijedne odgovornosti. Đorđević je posebno naglasio da je napokon i Alija Izetbegović, iako teška srca, priznao da je i Armija BiH činila zločine nad Hrvatima i Srbima.

Konjički Hrvati su prije pet godina prikupili vrlo čvrste dokaze, koji potvrđuju da je Alija Izetbegović osobno odgovoran za zločine u dolini Neretve. Na temelju toga je sročena optužnica i poslana u Haaški tribunal, a nju je potpisalo čak deset tisuća konjičkih Hrvata. Kada je Carla Del Ponte naslijedila Louise Arbour konjički Hrvati su od nove haaške tužiteljice pismeno tražili da ubrza podnošenje optužnice protiv Alije Izetbegovića i njegovih suradnika, među kojima su dr. Safet Ćibo, Sefer Halilović, Ramiz Delić, Zulfikar Ališpago i drugi.

Godine 1996. sudovi u srednjoj Bosni ispisali su najprije krivičnu prijavu pa onda i zahtjev za pokretanje istrage protiv Alije Izetbegovića i njegovih suradnika za zločine koje je počinila Armija BiH na području općine Fojnica. Među suoptuženicima su general Enver Hadžihasanović i pukovnik Šerif Patkovića, a od kojih je jedan već haaški uznik, a drugi će vrlo brzo za njim.

Uhićenjem Slobodana Miloševića i optužnice protiv muslimanskih generala počinju mijenjati sliku o ratovima u BiH. Istina je da je Alija Izetbegović u svoje ruke koncentrirao cijelu vlast i odlučivanje o vojnim pitanjima. Činjenica je da je Armiju BiH pretvorio u jednonacionalnu, jednostranačku i jednokonfesionalnu vojnu silu. Zato je i najveća odgovornost na Aliji Izetbegoviću. A on je s generalom Ramizom Delićem skrivao ratne zločine i nije tražio sudske postupke. To je najočitije u primjeru Grabovice, kada su ubijena 32 hrvatska civila i kada je general Sefer Halilović o svemu izvjestio Aliju Izetbegovića i Predsjedništvo RBiH, a do danas nitko zbog tog stravičnog zločina nije završio u Haagu.

Sada neki brane Aliju Izetbegovića i članove Predsjedništva RBiH činjenicom da su sudski gonjeni ubojice fojničkih fratara, fra Nikice Miličevića, gvardijana i fra Leona Migića, vikara, ali to je bila neka vrsta sudske farse, jer su planirani zločin sveo na tuču u krčmi u kojoj su ubojice bile pod utjecajem alkohola.