U Vladi RS-a tvrde da su prikupili dovoljno dokaza protiv Izetbegovića, a kako se doznaje, većina dokaznog materijala odnosi se na stradanje civila u sarajevskim zatvorima. Izetbegovića će srpske vlasti pokušati optužiti i za stradanje vojnika JNA, koji su napadnuti dok su se povlačili iz Sarajeva i Tuzle u svibnju 1992. godine.

Pravosudna tijela u RS-u prikupljaju dokaze i o stradanju Srba na području Bosanske Posavine, a u završnoj je fazi i prikupljanje dokaza protiv ratnog zapovjednika Armije BiH u Srebrenici, Nasera Orića. Banjolučke vlasti kažu kako imaju podatke da haaško tužiteljstvo već dulje vrijeme priprema optužnicu protiv Orića, a zbog ubojstva većeg broja srpskih civila u istočnoj Bosni. Odmah nakon završetka rata u BiH pravosudna tijela Republike Srpske pokrenula su sudski proces protiv Izetbegovića pred banjolučkim sudom. Međunarodna zajednica taj je sudski proces ocijenila političkim, a i banjolučki je sud odustao od njega svjestan da je nerealno očekivati da se Izetbegović odazove pozivu na suđenje. Ipak, zbog sigurnosnih razloga, Izetbegović nakon rata nijednom nije boravio na području Republike Srpske.