Ljubičić je optužen za zločine protiv čovječnosti te kršenje običaja rata od lipnja 1992. do srpnja 1993. na području Viteza i Busovače, uključujući Ahmiće. Tereti ga se za planiranje, poticanje i naređivanje zločina. U optužnici stoji da je s drugim pripadnicima HVO-a i Vojne policije sudjelovao u planiranju napada na Ahmiće i susjedna sela 16. travnja 1993. godine. Večer prije napada bio je prisutan u bungalovu, operativnoj bazi vojne policije. Navodi se da je 16. travnja prenio podređenima da svi vojno sposobni Muslimani trebaju biti ubijeni, a civili protjerani.

- Osim što je optužnica garnirana političkim natruhama začuđuje što haaško tužiteljstvo i nakon toliko optužnica i suđenja za Ahmiće može dopustiti tolike nepreciznosti - rekao je odvjetnik Jonjić. Na primjer navodi se da je prije nego što je u siječnju 1993. postao zapovjednik Četvrte bojne Vojne policije bio zapovjednik Prve satnije Djelatne bojne Vojne policije, a riječ je o Prvoj djelatnoj satniji Bojne VP-a. - Pripisuju mu se ingerencije koje sa svojim položajem nije mogao imati, opisujući ga kao jednog od ključnih ljudi HVO-a u srednjoj Bosni - rekao je Jonjić. Osim toga, u napadima na neka sela koja se navode u optužnici VP uopće nije sudjelovao, a Ljubičić, kako tvrdi odvjetnik, ne može biti kriv ni za sve razdoblje za koje je optužen jer do siječnja 1993. veći dio vremena uopće nije bio u srednjoj Bosni.

Na pitanje je li optužnica sastavljena na osnovi svjedočenja prvog Hrvata pokajnika u Haagu Vlade Šantića, Ljubičićeva podređenog, Jonjić kaže da to ne mora biti jer su se slične tvrdnje ponavljale na nekoliko haaških procesa za Ahmiće. Optužnica je podignuta je tri mjeseca nakon Šantićeva iskaza. Optužnica protiv Ljubičića otpečaćena je nakon što su trojica Kupreškića, optužena za Ahmiće, oslobođena. Kad su presudom potvrđeni ozbiljni propusti Tužiteljstva, zamjenik glavne tužiteljice Graham Blewit objavio je da postoji još jedna optužnica za Ahmiće. Optužnica protiv Ljubičića podignuta je krajem rujna prošle godine, nakon što policija kod Zadra nije uspjela uhititi Paška Ljubičića.