Premda je prije godinu dana Ustavni sud BiH donio odluku o usklađivanju entitetskih ustava i cijelog ustava BiH s preambulom daytonskog ustava prema kojoj su Srbi, Hrvati i Bošnjaci konstitutivni na cijelom području zemlje, Alijansa za promjene još nije uspjela postići unutarkoalicijski konsenzus o tom najvažnijem političkom pitanju u BiH. S provedbom ustavne odluke o konstitutivnosti povezan je i izborni zakon BiH. Nepostojanje konsenzusa o provedbi ustavne odluke o konstitutivnosti blokira i postizanje konsenzusa o neusuglašenim odredbama izbornog zakona. Pred Allijansom su dva ključna politička pitanja i ako ne budu riješena, mogu dovesti zemlju u ustavnu i institucionalnu krizu. U nekoj drugoj zemlji iz toga bi se moglo zaključiti da postoji ozbiljna ustavna kriza, ali BiH ima svoje međunarodne institucije. Alijansa je sada u mogućnosti da prvi put, kao domaća vlada, strukturira vlast. U listopadu sljedeće godine domaće bi institucije trebale organizirati izbore i formirati vlast prvi put nakon rata. Zato je potrebno postići kakav-takav konsenzos o ustavnim promjenama vezanim uz konstitutivnost triju naroda u BiH te o izbornom zakonu koji je radi mogućeg prijma BiH u Vijeće Europe početkom ljeta usvojen tek formalno, s mnogo neriješenih pitanja.

Na OHR-ov zahtjev u entitetima su formirane ustavne komisije koje trebaju izraditi prijedloge izmjena ustava entiteta. Federalna je komisija prva završila svoje prijedloge, ali budući da nema suglasnosti unutar komisije, ostavljena su otvorena ključna pitanja zaštite nacionalnih interesa u F BiH. U optjecaju su dva prijedloga. Prvim je predloženo da se nacionalni interesi štite kroz ustavne komisije i da entitetski parlament bude jednodoman, odnosno da se ukine Dom naroda Skupštine F BiH u kojemu Hrvati i Bošnjaci imaju pravo veta za sve odluke od nacionalnog značenja. Drugi prijedlog navodi da Dom naroda bude zadržan, odnosno proširen srpskim predstavnicima te da istovjetni bude uveden u RS.

O prijedlogu ustavnih komisija nemaju svi isto mišljenje. Jedni su za to da se kroz komisije u entitetima trebaju zaštititi nacionalni interesi Bošnjaka, Srba i Hrvata, a drugi, poput predsjednika federalne komisije Jakova Fincija, smatraju da ustavne komisije kroz svoje članove trebaju štititi i nacionalne manjine. U Alijansi za promjene stranke nisu suglasne po pitanju zaštite nacionahiih interesa. Hrvatske političke stranke su za domove naroda, a građanski blok stranaka prije bi prihvatio ustavne komisije. Njihov je argument da se na razini države u Domu naroda mogu adekvatno zaštititi interesi konstitutivnih naroda. Za razliku od stavova Alijanse, stranke Hrvatskoga narodnog sabora drže da isključivo domovi naroda mogu zaštititi nacionalne interese.

Uz niz unutarkoalicijskih političkih sukoba između stranaka Alijanse u F BiH, drugi glavni problem je razilaženje stavova Alijanse iz F BiH i Alijanse iz RS-a. Vladu RS-a Mladena Ivanića potresa i sukob sa SDS-om i njemu srodnim strankama. Ivanić ne može iz vlade isključiti SDS-ove ministre jer ta stranka ima većinu u Skupštini RS-a. Suradnju s Ivanićevom vladom OHR je uvjetovao raskidom koalicije sa SDS-om. U suprotnom, visoki predstavnik Wolfgang Petritsch najavljuje i moguću zabranu SDS-a. I Clifford Bond, novi američki veleposlanik u BiH, nakon dolaska u Sarajevo najavio je da se ne želi susresti s predstavnicima SDS-a.

Stranke Alijanse na državoj se razini razilaze u nizu ključnih pitanja. Vijeće ministara BiH održava se uglavnom na koalicijskoj platformi preuzimanja vlasti od SDA, SDS-a i HDZ-a BiH. Ključne razlike između stranaka Alijanse iz F BiH i stranaka Alijanse iz RS-a jesu u praktičnoj primjeni ustavne odluke o konstitutivnosti triju naroda te u nadležnostima entitetskih i državne vlade. Dok su stranke Alijanse iz F BiH, pokrenule kampanju za ukidanje entiteta, politički predstavnici iz RS-a nastoje zadržati što veće nadležnosti entiteta.

Budući da politički predstavnici RS-a već mjesecima nisu pokazali volju za prihvaćanje pregovora o jačanju državnih institucija, stranke Alijanse iz F BiH opredijelile su se na jednostrano prenošenje nadležnosti s institucija F BiH na državne institucije. Na čelu Vlade RS-a je Mladen Ivanić, predsjednik Partije demokratskog progresa, stranke koja na entitetskoj razini u koaliciji sa SDS-om ima priliku izbjeći međunarodnu izolaciju ako raskine koaliciju sa SDS-om. Ivanić ne može iz vlade ukloniti ministre koji se protive integracijskim procesima dok SDS ima većinu u Skupštini RS-a. U rješenju blokade u srpskom entitetu međunarodne bi organizacije mogle primijeniti metodu izoliranja radikalnih stranaka kako su to učinile s HDZ-om BiH i drugim strankama HNS-a.