Istražni sudac Županijskog suda u Zagrebu Milan Došen zaključio je spis u srpnju 2001. i uputio ga odvjetništvu, koje je trebalo razmotriti provedene dokaze i indicije, a zatim odlučiti o eventualnom podizanju optužnice, proširenju istrage ili odbacivanju predmeta. U proteklim mjesecima, prema informacijama iz tužilaštva, državno odvjetništvo je od Trgovačkog suda zatražio dopunske obavijesti, neki dokumenti izdvojeni su iz spisa te je predmet proslijeđen u Ured za suzbijanje korupcije i organiziranog kriminaliteta. Kao što je poznato cijela afera »Tuđman-Knežević« u javnost je izbila kada je »Feral Tribune« na temelju Kneževićeve izjave, ovjerene u javnobilježničkom uredu Zinke-Batušić Šlogar u Sesvetama, rekonstruirao njegove petogodišnje poslovne odnose s Nevenkom Tuđman.

Riječ je o milijunskim malverzacijama s instaliranjem telefonskih centrala u nekoliko ministarstava, velikih firmi i na fakultetima diljem Hrvatske. Knežević se, navodno, na objavljivanje poslova odlučio kako bi se svojoj poslovnoj suradnici osvetio što mu nije omogućila oslobađanje ili izbjegavanje plaćanja poreza. Na temelju dokumentacije što je pribavilo Općinsko državno odvjetništvo 9. srpnja 2000. doneseno je rješenje o provođenju istrage u kojoj se Nevenku Tuđman i Igora Kneževića sumnjiči za protuzakonito posredovanje i uzimanje provizija za poslove koje je obavljala Kneževićeva tvrtka »Telecom«. Kao ovlaštena osoba za provođenje javnih natječaja u Ministarstvu znanosti Knežević je utjecao da niz visokoškolskih ustanova iz cijele Hrvatske zaključe ugovore s poduzećem »Alcatel«. Naime, s tom je tvrtkom tad imao zaključen ugovor o posredovanju. Ugovori su se radili i s »Ericssonom«, za koji je njegova firma bila podizvođač, ili pak izravno s njegovom firmom »Datanet«. Od »Alcatela« Knežević je dobivao proviziju, a dio je predao Nevenki Tuđman.

Pored toga, Nevenku Tuđman policija je osumnjičila da je koristeći svoj društveni položaj i ugovor utjecala da Knežević bez ili s nepotpunim natječajem dobije posao za svoj obrt »Telecom« i u Privrednoj banci Zagreb koja je tada bila u vlasništvu RH, te u javnom poduzeću »Robni terminali« i »Končar imobilija«. Na svim poslovima Knežević je zaradio više od 10 milijuna kuna, a od toga je Nevenki Tuđman u njenoj kući u Nazorovoj 69 i uredu u Zvonimirovoj u razdoblju od 1996. do 1999. isplatio, 2,1 milijun kuna provizije.

Na saslušanju u srpnju 2000. Nevenka Tuđman negirala je sve navode Kneževićeve izjave, dok je on potvrdio sve za što ih se tereti, te iznio niz detalja o njihovom poslovnom odnosu i brojnim osobama, mahom iz državnih struktura, koje su im pomagale. Tako su na ispitivanju pred istražnim sucem, među 24 svjedoka, saslušani bivši ministar znanosti i tehnologije Ivica Kostović i njegov tadašnji pomoćnik Nikola Ružinski, kao i aktualni ministar Hrvoje Kraljević, nekadašnji predsjednik poslovodnog odbora »Siemensa«, a danas »Dinama« Mirko Barišić te niz djelatnika tvrtki »Robni terminali«, »Končar Imobilija«, »PBZ«, »Ericsson« i »Alcatel«.