Sredinom devedesetih Tomislav Leko je kao član HDZ-a postavljen za direktora Zračne luke Zagreb, a kad je početkom 2001. smijenjen, njegov je nasljednik naručio reviziju financijskog poslovanja / Leko je 2000. potpisao 46 milijuna kuna gubitka, da bi revizori ustanovili kako stvarni gubitak nije smio biti veći od 12 milijuna kuna / Sarajevsko je »Oslobođenje« objavilo da je, prema nalazu federalne policije, Leko naknadno upisan u knjigu državljana BiH

Ugledne sarajevske novine objavile su da je Tomislav Leko »na nelegalan način stekao državljanstvo BiH naknadnim upisom u knjigu državljana«, te da se protiv njega vode istrage u Hrvatskoj zbog »financijskih malverzacija za vrijeme njegovog direktorovanja Zračnom lukom Zagreb«.

»Dani« zaključuju da će Leko diplomatskim statusom biti zaštićen od kaznenog progona u BiH i Hrvatskoj, a da je za to zaslužan njegov bivši poslovni suradnik i nekadašnji direktor mostarskog »Sokola« Dragan Čović, sad predsjedavajući Predsjedništva BiH, koji je navodno sa Sulejmanom Tihićem ugovorio »taj deal«.

Čim se u Sarajevu doznalo da je Leko postavljen za savjetnika u tamošnjem Ministarstvu vanjskih poslova, dnevni list »Oslobođenje« je objavio da je budući veleposlanik BiH naknadno upisan u knjigu državljana BiH. Prema nalazu federalne policije, u matičnoj knjizi Mjesnog ureda Donji Mamići, općina Grude, na stranici 85, ime osobe upisane u posljednjoj rubrici bilo je prekriženo crvenom olovkom, a ispod njega je, mimo okvira, upisano ime Ivana Leke, oca novoimenovanog bosanskohercegovačkog veleposlanika.

Dan nakon što mu je izdana osobna iskaznica u općini Grude, u matičnu knjigu u Donjim Mamićima upisano je i ime Tomislava Leke. Federalni su policajci otkrili da je u knjizi državljana običnom olovkom dopisana napomena: »Zvao Tomas iz MUP-a Grude da se izvrši naknadni upis i da se dostavi uvjerenje«.

Nalazi revizije, završeni u svibnju 2001., pokazali su enormne gubitke Zračne luke Zagreb za vrijeme Lekina direktorovanja. Neki su gubici proizlazili iz poslova koje je Zračna luka Zagreb sklopila s mostarskim poduzećem »Eurobus Soko«, kojem je bio na čelu Dragan Čović, predsjedavajući Predsjedništva BiH.

Prema nalazima revizije Leko je 1995. prikrio četiri milijuna kuna gubitka, a sljedeće je godine prikriveno 2,5 milijuna kuna minus. Za 1999. Leko je prikazao 1,3 milijuna kuna dobitaka, a revizija je ustanovila 11,5 milijuna kuna – gubitka.

Revizori su posebno naveli i poslove u kojima je Leko »gubio« novac, pa je tako zabilježeno da je sklopio posao vrijedan četiri milijuna kuna s mostarskim »Eurobusom Soko« o isporuci triju njihovih autobusa Zračnoj luci, s tim da je dva milijuna kuna dao unaprijed. Dok je on bio direktor, autobusi nisu stigli u Zagreb.

U Nadzornom odboru Zračne luke Zagreb sjedila su i dvojica SDP-ovaca, Zdravko Tomac i tadašnji gradonačelnik Milan Bandić, kojima se – prema napisima u »Feralu« – nije svidio Kožarov postupak, pa je i on smijenjen samo nekoliko mjeseci nakon objavljivanja nalaza revizije.