Prema neimenovanom izvoru, nekolicina dužnosnika HDZ-a BiH, među kojima je bio i kandidat za predsjednika te stranke Božo Ljubić, susreli su se u petak u Zagrebu s dužnosnicima HDZ-a Hrvatske. Prema tvrdnjama neimenovanog sudionika sastanka, Zagreb je podupro politiku koju zastupa Ljubić ističući ipak da se neće miješati u ishod sabora HDZ-a BiH 4. lipnja u Mostaru.

Drugi HDZ-ov dužnosnik tvrdi da je Sanader odredio Luku Bebića kako bi koordinirao rad sa strankom u Mostaru. Da situacija između dviju stranaka nije sjajna potvrđuju navodi da je nakon objave kandidature Ive Mire Jovića, Sanader telefonski nazvao kolegu Čolaka i vrlo drsko upitao tko je taj Jović ističući da se njegov izbor nije mogao napraviti bez znanja Zagreba. Nakon kraćeg monologa Sanader je spustio slušalicu. Potvrdio je to za Večernjak HDZ-ov dužnosnik koji je želio ostati anoniman. Čolak jučer nije bio dostupan za komentar. Glasnogovornik HDZ-a Pero Pavlović je na upit o zategnutim odnosima Zagreba i Mostara odgovorio kako nije stekao takav dojam tijekom ranijih službenih susreta tvrdeći da su odnosi dobri. "U okviru tih susreta nije bilo nikakvih suprotstavljenih stajališta po bilo kojem pitanju, a ono što u skoro vrijeme očekujemo je žurno potpisivanje Ugovora o pravima branitelja. Što je eventualno bilo predmetom nekih neslužbenih ili privatnih susreta nekih od članova naše stranke s dužnosnicima HDZ-a Hrvatske, ja uistinu ne znam i ne mogu komentirati", rekao je glasnogovornik Pavlović. Član Predsjedništva HDZ-a BiH Martin Raguž ocijenio je da je neodgovorno pogoršavati odnose sa Zagrebom.

"Odnos između HDZ BiH i HDZ-a Hrvatske je od krucijalnog i strateškog značenja ne samo za poziciju i perspektivu tih dviju stranaka nego s obzirom na njihovu ulogu kao vladajućih stranaka u dvije države. Ti odnosi izvanredno su važni za ukupne odnose dviju država, a pogotovo zbog situacije u BiH i za poziciju hrvatskog naroda u njoj, posebice u perspektivi skorog raspleta na prostoru zapadnog Balkana. Odgovornost je na ljudima koji predvode stranke da ti odnosi funkcioniraju skladno bez otvorenih pitanja. HDZ Hrvatske je odigrao presudnu ulogu u ulasku HDZ-a BiH u Europsku pučku stranku.

Hrvatski premijer nepovjerljiv je prema HDZ-u BiH od posljednjeg stranačkog kongresa svoje stranke kada su izaslanici te stranke iz BiH uglavnom poduprli Ivića Pašalića za predsjednika. Jednako tako, HDZ BiH se na posljednjim izborima u dijaspori (BiH) za Hrvatski sabor nije previše iskazao podupirući HDZ Hrvatske, što je Sanader također zapamtio. S druge strane, unatoč prijamu HDZ-a BiH u Europsku pučku stranku, ponajprije zahvaljujući Sanaderu i njegovu HDZ-u, od službenog Zagreba zabavljenog Europskom unijom, nije se čulo niti jedno ozbiljnije stajalište oko pogoršane pozicije konstitutivnih Hrvata u BiH koji su praktično manjina u većinskoj bošnjačkoj Federaciji, a u Republici Srpskoj dekor tamošnjoj vlasti. Posebno je bila znakovita šutnja službenog Zagreba na tvrdnje visokog predstavnika u BiH Paddyja Ashdowna koji je prigodom govora pred UN-om optužio Hrvatsku što ne omogućuje povratak Srbima.