Đapić je uhićen 2002. godine zbog osnovane sumnje da je počinio kazneno djelo pomaganja u krađi 200 tisuća kuna vrijednog Audija s parkirališta kninske policijske postaje. Sporni automobil zaplijenila je granična policija Ivici Borasu iz Posušja koji ga je htio odvesti u BiH. Nakon 17 dana istrage policija je privela Marka Đapića i Ivana Čapina, djelatnika PP Knin, zbog sumnje da je Đapić sudjelovao u krađi automobila, a da je Čapin odao službenu tajnu. Protiv njih je pokrenut kazneni postupak, a Županijski sud u Šibeniku je na temelju istražnog zahtjeva Općinskog državnog odvjetništva u Kninu naredio pritvor Đapića i Čapina. U pritvoru su proveli mjesec dana, a rješenje o obustavi istrage dobili su tek nakon dvije godine. Marko Đapić je oslobođen optužbi jer je istraga pokazala da nije sudjelovao u krađi.

- Kada se to događalo - rekao je Marko Đapić - stranka i njezin predsjednik Anto Đapić nisu imali nimalo razumijevanja za moje probleme. Umjesto da mi kao stranačkom kolegi i dužnosniku vjeruju da nisam kriv i pričekaju odluku suda, na mene su vršili pristisak da dam ostavku na mjesto predsjednika kninskog HSP-a, a kad to nisam učinio, izbacili su me iz stranke. Politički su me diskreditirali i bezobzirno odstranili s mjesta predsjednika HSP-a Knin bez pisanog traga ili odluke Časnog suda. Razočaran sam ponašanjem predsjednika HSP-a Ante Đapića koji očito ima dvostruka mjerila -jedna za sebe, a druga za ostale članove stranke. Da je strogoću koju je trenirao na meni primijenio u svom slučaju kada je osumnjičen zbog krivotvorenja magisterija, dao bi ostavku ili bi stavio u mirovanje dužnost predsjednika stranke tvrdi Marko Đapić.